Quyết toán thuế là việc tính toán và xác định chính xác số thuế phải nộp của cả năm tài chính, so sánh với số thuế đã tạm nộp trong năm để xác định số thuế còn phải nộp thêm hoặc được hoàn trả. Quyết toán thuế là nghĩa vụ bắt buộc hàng năm đối với doanh nghiệp và cá nhân có thu nhập chịu thuế. Đối với thuế thu nhập doanh nghiệp (TNDN), thời hạn nộp hồ sơ quyết toán là ngày cuối cùng của tháng thứ 3 kể từ ngày kết thúc năm tài chính (thường là 31/03 năm sau). Hồ sơ quyết toán thuế TNDN gồm: tờ khai quyết toán (mẫu 03/TNDN), báo cáo tài chính năm, và các phụ lục về ưu đãi thuế, chuyển lỗ nếu có. Đối với thuế thu nhập cá nhân (TNCN), doanh nghiệp chi trả thu nhập phải quyết toán thay cho người lao động có ủy quyền, thời hạn cũng là 31/03 năm sau. Quá trình quyết toán thuế đòi hỏi kế toán phải rà soát toàn bộ doanh thu, chi phí, xác định các khoản chi phí được trừ và không được trừ theo Thông tư 78/2014/TT-BTC (sửa đổi bởi Thông tư 96/2015/TT-BTC). Các khoản chi phí thường bị loại trừ gồm: chi phí không có hóa đơn chứng từ hợp lệ, chi vượt định mức, chi không phục vụ hoạt động kinh doanh. Sau quyết toán, nếu số thuế đã tạm nộp lớn hơn số thuế phải nộp, doanh nghiệp được bù trừ vào kỳ sau hoặc làm hồ sơ hoàn thuế. Doanh nghiệp nên chuẩn bị hồ sơ quyết toán từ sớm, đối chiếu số liệu kỹ lưỡng để tránh sai sót dẫn đến bị truy thu thuế và phạt khi cơ quan thuế thanh tra, kiểm tra.