Phần mềm kế toán là ứng dụng công nghệ thông tin được thiết kế để tự động hóa các nghiệp vụ kế toán, từ ghi nhận chứng từ, hạch toán sổ sách đến lập báo cáo tài chính và kê khai thuế. Tại Việt Nam, phần mềm kế toán phải đáp ứng các yêu cầu theo Thông tư 78/2021/TT-BTC về hệ thống tài khoản, mẫu báo cáo, và kết nối với cổng thuế điện tử. Các phần mềm kế toán phổ biến tại Việt Nam gồm: MISA (chiếm thị phần lớn nhất, đa dạng phiên bản cho SME đến doanh nghiệp lớn), FAST Accounting (mạnh về sản xuất), Bravo (phù hợp doanh nghiệp vừa), 1C:Accounting (phổ biến trong doanh nghiệp FDI), và SAP, Oracle cho tập đoàn lớn. Xu hướng hiện nay là chuyển sang phần mềm kế toán đám mây (cloud-based) như MISA AMIS, Sapo, KiotViet, cho phép truy cập mọi lúc mọi nơi và tích hợp với hóa đơn điện tử, ngân hàng điện tử. Khi chọn phần mềm kế toán, doanh nghiệp cần cân nhắc: quy mô doanh nghiệp, ngành nghề kinh doanh, nhu cầu quản trị (chỉ kế toán tài chính hay cả kế toán quản trị), khả năng tích hợp với hệ thống hiện có, chi phí triển khai và duy trì, và hỗ trợ kỹ thuật. Đối với startup và doanh nghiệp nhỏ tại TP. Hồ Chí Minh, Hà Nội, Đà Nẵng, phần mềm đám mây với chi phí thuê bao hàng tháng là lựa chọn tối ưu. Phần mềm kế toán hiện đại còn tích hợp trí tuệ nhân tạo để tự động nhận dạng hóa đơn, phân loại giao dịch, và cảnh báo sai sót, giúp kế toán viên tập trung vào phân tích và tư vấn thay vì nhập liệu thủ công.