Kế toán nội bộ là hệ thống kế toán do doanh nghiệp tự tổ chức bên trong, với nhân sự kế toán là nhân viên chính thức của công ty, chịu trách nhiệm thực hiện toàn bộ công tác kế toán từ ghi chép chứng từ đến lập báo cáo tài chính. Khác với dịch vụ kế toán trọn gói thuê ngoài, kế toán nội bộ mang lại sự kiểm soát trực tiếp và xử lý kịp thời các vấn đề phát sinh hàng ngày. Kế toán nội bộ còn được hiểu rộng hơn là kế toán quản trị, phục vụ nhu cầu thông tin nội bộ của ban lãnh đạo để ra quyết định. Một bộ phận kế toán nội bộ hoàn chỉnh thường gồm: kế toán trưởng (người chịu trách nhiệm cao nhất), kế toán tổng hợp, kế toán thuế, kế toán công nợ, kế toán kho, kế toán tiền lương, và thủ quỹ. Ví dụ, một công ty FDI sản xuất với 200 nhân viên thường cần bộ phận kế toán ít nhất 4-5 người để xử lý khối lượng công việc gồm hàng trăm hóa đơn mỗi tháng, tính lương, quản lý kho, và đáp ứng yêu cầu báo cáo cho công ty mẹ ở nước ngoài. Ưu điểm của kế toán nội bộ: hiểu sâu hoạt động doanh nghiệp, xử lý nhanh, bảo mật thông tin tốt hơn, có thể cung cấp báo cáo quản trị theo yêu cầu riêng. Nhược điểm: chi phí cao hơn thuê ngoài (lương, bảo hiểm, đào tạo), phụ thuộc vào năng lực cá nhân, rủi ro khi nhân sự nghỉ việc mang theo kiến thức. Doanh nghiệp FDI thường ưu tiên kế toán nội bộ vì yêu cầu báo cáo phức tạp theo cả chuẩn mực Việt Nam và quốc tế. Để xây dựng bộ phận kế toán nội bộ hiệu quả, doanh nghiệp cần thiết lập quy trình rõ ràng, phân quyền phê duyệt, và sử dụng phần mềm kế toán phù hợp.